Nidos heeft haar methodieken voor voogdij en ots vastgelegd in respectievelijk “Jong en Onderweg” (2009) en “Ouderschap en onzekerheid” (2009). De beide methoden zijn in eigen beheer ontwikkeld. De methoden sluiten aan bij de toenmalige best practices als “Delta” en “Beter beschermd” en zijn tot stand gekomen in een wisselwerking tussen theorie en praktijk. Kern van het methodisch handelen is het plan van aanpak en de periodieke evaluaties en het werken met “het plan op tafel”.
Alle jeugdbeschermers zijn in de methodieken geschoold.

Nidos streeft ernaar dat haar methodiek voldoet aan de wetenschappelijke inzichten voor het pedagogisch begeleiden van kinderen. In 2012 heeft Nidos mede daarvoor een eigen leerstoel gerealiseerd bij de Rijksuniversiteit Groningen.

In 2011 is de methodiek voor voogdij-jongeren geëvalueerd. Dit heeft geleid tot een breed ingestoken verbeterprogramma. De evaluatie werd ingegeven door de door Hermans en c.s.  uitgevoerde evaluatie van de “Deltamethoden”, de uitkomsten van interne audits, ontwikkelingen in wet en regelgeving en het veranderde vreemdelingenbeleid van de overheid. De evaluatie heeft geleid tot een zestal verbeteringen die hieronder kort zijn beschreven. De beschrijving maakt duidelijk dat Nidos actief inspeelt op ontwikkelingen van buiten en gebruik maakt van de resultaten van externe onderzoeken.

• De methodiek is aangepast aan de Wet Verplichte Meldcode Huiselijk Geweld en Kindermishandeling en het uitvoeren van systematische veiligheidstaxatie. Er is een methode beschreven waarbij na een eerste veiligheidstaxatie -waarin gesignaleerd zijn of er mogelijke veiligheidsrisico’s zijn-  een instrumentarium ingezet kan worden om verder in te zoomen op die veiligheidsrisico’s. Alle medewerkers zijn getraind in deze nieuwe methode Care.nl. De implementatie en de borging van de methode wordt ondersteund door getrainde aandachtfunctionarissen kindermishandeling.
• De methodiek is verder ontwikkeld op het thema “Versterken van de eigen kracht”. Hiertoe loopt een project “Crossborder Networking” waarbij op systematische wijze getracht wordt de familie en het netwerk -hier in Nederland en in het land van herkomst-  te betrekken bij de begeleiding van de jongere. Een belangrijk nevendoel van het project “Crossborder Networking” is het verbeteren van de begeleiding van de jongeren met het perspectief terugkeer.
• Nidos heeft een visie en methode ontwikkeld om de terugkeer van jongeren vorm te geven. De nieuwe visie is een gevolg van het overheidsbeleid dat gericht is op het daadwerkelijk realiseren van de terugkeer van jongeren en gezinnen die geen verblijfsrecht in Nederland hebben. Kern van deze “CC-methode” is het verkrijgen van het commitment van de jongere en de (extended) familie om terug te keren naar het land van herkomst. De implementatie en borging van de CC-methode worden ondersteund door een daartoe gespecialiseerd staflid, een werkgroep terugkeer en speciaal opgeleide aandachtfunctionarissen.
• Er is een deskundigheidsbevorderingsprogramma ontwikkeld op het herkennen, begeleiden en doorverwijzen van jongeren die suïcidale gedachten hebben. De eerste evaluatie van het programma heeft geresulteerd in de aanbeveling een beleidskader te formuleren over het herkennen, begeleiden en doorverwijzen van kinderen met psychosociale of psychiatrische problemen. In het beleidskader wordt ook de richtlijn kinderen met gedragsproblemen geïncorporeerd.
• Er wordt gewerkt aan het invullen van het criterium “het belang van het kind” in verblijfsrechtelijke procedures. Middels het inzetten van de BIC-methode van Kalverboer, het aansluiten op het internationaal ontwikkelde systeem van “Best Interest of the child Determination (BID-procedures) en het vergroten van de juridische kennis van de jeugdbeschermers wordt gewerkt aan het sterker positioneren van de jeugdbeschermer in verblijfs – en vertrekprocedures. Ook hier wordt de implementatie en borging ondersteund door getrainde aandachtfunctionarissen.

Waar nodig maakt Nidos in het (verder) ontwikkelen van haar methodiek gebruik van de expertise van derden en van de mensen in de praktijk. Zo is de methodiek mede ontwikkeld in samenwerking met Pro Education. Daarnaast is bij het ontwikkelen van de veiligheidstaxatie professor C. de Ruijter betrokken geweest en is aangesloten op de best practices van onder andere Moviera.